La paratubercolosi è dovuta alla moltiplicazione nella mucosa intestinale di Mycobacterium paratuberculosis, o bacillo di Johne. Le fonti di materiale virulento sono arppresentate dagli animali malati, anche in forma inapparente. Il materiale virulento è costituito essenzialmente dagli escrementi e dalle secrezioni mammarie. Il periodo critico per la contaminazione è rappresentato dalle prime 2-4 settimane di vita. I sintomi compaiono dopo un anno e mezzo-due anni. L'evoluzione clinica è praticamente identica negli ovini e nei caprini, i sintomi sono modesti o scarsamente rivelatori di un'evoluzione progressiva della malattia. Nei casi che si manifestano clinicamente la diagnosi si basa sulla batterioscopia, sulle colture batteriche, sulla PCR e su metodi sierologici. E' fondamentale la profilassi sanitaria.